司马迁被判的是死刑，因无钱赎罪，最后才选择宫刑被阉的
汉朝建立之初，它的制度和法律都是在秦朝的基础上建立起来的，这就是学术界所谓的"汉承秦制"。不过，因为秦朝一直以严刑峻法治国，汉朝虽然废除了部分秦朝残酷的法律，但保留的部分依旧还有很多。直到缇萦上书之后，汉文帝彻底废止了各种肉刑，这才使得汉朝的法律变得相对宽松。因此，像宫刑这种典型的“肉刑”官方是不会主动判处的，尤其是对官员。
不过，我们都知道，汉武帝时期，司马迁就是因为为李陵辩护触怒了汉武帝被打入监狱，最后还遭受了宫刑之苦。这又是为什么呢？事实上，当时司马迁被判处的并不是宫刑，而是死刑。司马迁在被打入监狱时，官方对于李陵的处置其实还没有出来，而是一直处于观望状态。当然，这时对于司马迁的处置也还没定。直到李陵投降匈奴一年之后，斥候回报李陵在为匈奴人训练士兵（其实是一个叫李绪的降将做的），汉武帝这才大怒下令株灭李陵三族，而为李陵说话的司马迁也被判处了死刑。
在汉武帝时期，犯人如果被判处死刑后，其实是有三种方法可以减刑的，第一是“剖符丹书之功（丹书、铁券之类的特大功勋）”，第二是“入赎钱五十万减死一等”，第三是“死罪欲腐者，许之”。司马迁在被判处死刑之后，如果家里有钱，本可以凑个五十万出来减免的，但是因为家里没什么钱，祖上又没有立过丹书、铁券之类的特大功勋，最后为了写《史记》才不得不忍辱主动申请宫刑活命的。
司马迁《报任少卿书》
家贫，货赂不足以自赎；
仆之先人非有剖符丹书之功，文史星历，近乎卜祝之间，固主上所戏弄，倡优畜之，流俗之所轻也；
草创未就，会遭此祸，惜其不成，是以就极刑而无愠色。
自此之后，司马迁就几乎完全为了编纂史记而活着，就连给朋友的书信里，署名都是“《太史公》牛马走”，翻译过来就是“《史记》的奴隶”。这里的《太史公》是当时《史记》的正式名称，也是《汉书·艺文志》中记载的书名，两汉时期以人名作为书名是很常见的行为。史记本身是史书的一种通称，而后人为了尊崇司马迁，才把把史记作为这本书的专称。