顺帝即位七年后，于1340年追究了其父明宗被文宗谋害的事，将文宗庙主撤出了太庙，安置文宗后于东安州，将文宗子（即先前的太子）流放到了高丽，到 这个时候，“帝位之争”才算告一段落。在同一年，顺帝在脱脱的帮助下击败了权臣伯颜，将统治权力真正掌握到了手中。而在这一时期，积弊已深，顺帝要想 力挽狂澜，每一步都要小心，都不能出错。
　　从1344年顺帝亲政，至1349年间重新起用脱脱，这时期顺帝面对连年的天灾和愈演愈烈的 社会动乱采取了一系列的措施。但是成效并不明显，问题反而越来越多。1344年5月，黄河暴涨，先是白茅堤溃决，6个月后，金堤又被冲垮。黄河中下游，即 今天的河南省东北部，安徽、江苏两省的北部，山东省南部和河北的部分地区，都被洪水淹没，成为万里泽国。黄河泛滥不仅严重妨碍了漕运，更威胁到了盐场的安 全，直接扣住了元朝的财政命脉，使本来就处于紧张状态下的元政府财政更加入不敷出。而水灾过后，就是严重的饥荒与瘟疫，这对元政府来说就更是雪上加霜。不 过二十多岁的元顺帝必须积极主动地解决一切问题。于是他在1349年7月，召回了称病在家的脱脱，重新任命他为右丞相。
　　脱脱的这次改 革并不能说是成功的。为了缓解元朝政府的财政问题，他在1350年底，印行了没有准备金的“至正交钞”，铸造新铜钱进行流通。因为没有准备金，新的货币如 同废纸一样。形成了以滥发新钞搜刮民间至元宝钞的态势，造成了更大的经济危机。导致老百姓避虚就实，先是舍钞用钱，最后连钱都不用，回到了以物易物的原始 状态。给百姓带来更多苦难的是脱脱对黄河的治理。1351年5月，脱脱动用民工15万，监工的军队2万，开始了他庞大的修河工程。脱脱将黄河水由哈只口引 入黄河故道，再东引到徐州，入淮河最后流进大海。尽管脱脱治理住了洪水，但却在这次治理黄河的过程中引发了比洪水更可怕的、大规模的农民起义。造成起义的 原因很多。首先民众是被强征为河工的，而不是出于自愿。而工程中元朝政府发放的工资货币——“至正交钞”更是毫无用处的废纸，即使这样还多被监工贪污克 扣。在修河道的过程中，众多民工因饥饿和繁重的体力劳动致死，民怨沸腾。在这关键时刻，他们的怨恨与愤怒被白莲教利用、点燃，最终成为了一场无法遏制的大 起义。
　　脱脱对起义始料未及，他被迫率领百万元军，南征北讨，经过几年的应对，到1354年，才基本控制住了局势。1354年冬，脱脱 率军围攻高邮张士诚。高邮战役是元朝走向灭亡的真正开始。1354年11月，脱脱率元军抵高邮，大败张士诚。张士诚寡不敌众，只好退入高邮城中进行坚守。 于是脱脱命元军分兵，破六合、盐城、兴化等地，使高邮成为孤城。当时张士诚守在城中，和将领们每天所谈论的都是投降的事，可又怕投降后不能被脱脱赦免，最 后只能硬着头皮坚持。12月，脱脱突然被元顺帝削去了兵权。失去主帅，百万元军不战自溃，高邮形势发生了戏剧性的变化。张士诚不仅因此得救，还收编了大量 元军，将地盘不断扩大，成为了一方霸主。
　　高邮兵败完全是元廷自己制造的动乱，是元朝政治腐败、元顺帝丧失治国志向，生活走向堕落的必 然结果。在脱脱复相之前，康里人哈麻、雪雪兄弟向顺帝多次为脱脱美言。因此脱脱复相后为表示感激，升哈麻做了中书右丞。可不久，脱脱与哈麻就发生矛盾，哈 麻被脱脱降为了宣政院使。这以后哈麻怀恨在心，他知道要报复脱脱就得让元顺帝听自己的话。哈麻偷偷地找来西天僧人，教元顺帝学习运气术。西天僧人教给元顺 帝的运气术名为“演揲儿”，汉语称“大喜乐”。大喜乐既是一种宗教舞蹈，也是一种气功。哈麻利用这种气功的一些特点诱导元顺帝进行淫乐。从此以后元顺帝与 推行至正新政时判若两人，全然不顾皇帝尊严，整天寻欢作乐。脱脱对哈麻的举动深恶痛绝，打算除去哈麻。哈麻知道后，就在皇后、皇太子面前挑唆。脱脱出征高 邮时，哈麻趁机让监察御史弹劾脱脱，结果就出现了上面的那场闹剧。脱脱被弹劾解职后，被调回了大都，随后又被流放到了云南，最后哈麻假传圣旨，在云南贬所 中毒死了脱脱。
　　高邮兵败，使元朝丧失了镇压农民起义军的最有利时机。以后元政府再也没有能力集结大规模的军队对付起义军了。不久起义势力复振。到1355年以后，元朝陷入了起义者和镇压起义的军阀各自为政、割据一方的局面，中央政府在全国范围的统治实际已经瓦解。