关于李莲英之死,野史语焉不详,以“病故”,“及死去”言之。1908年10月,慈禧太后去世,据《李氏家谱》载:“百日孝满,出宫养老。”李莲英搬进北京棉花胡同家中,整日吃斋念佛,闭门不出。3年后,李莲英去世。据李家后人之说,李莲英是病死的,病因是痢疾不治,得病后三四天即殁。但是,清史档案和墓志铭,则用了一个“殒”字,模棱两可。直到近几十年,才峰回路转,引出大段公案。
1966年初夏,原北京“六一”学校的赵广智等老师,在革命造反派的监督之下,挖开了原清朝恩济庄太监坟地(恩济庄太监坟地之名为雍正所赐,当年皇帝曾拨银万两修建,据说该坟地所埋太监共有2700余人)中的李莲英墓。令人吃惊的是,李莲英棺椁里只有一颗骷髅头,却不见尸骨。只有头骨而没有尸身的李莲英,不可能是病死的。唯一的原因,他可能死于“他杀”。
李莲英究竟为何人所杀,概括起来有三种说法。一是为革命党人所杀。盖因他在慈禧太后和光绪皇帝的争斗之中,支持太后,而打击帝党。但是,也有学者反对,认为李莲英并没有参与朝廷内的党派之争,他也不可能得罪革命党人。关键之点,他临死之时,早已出宫3年,对于政事没有影响,杀他没任何意义。
二是为江朝宗和小德张所杀。此说法,主要是颜仪民先生的观点。他甚至在文章中,引用了江朝宗儿子提供的“细节”,说时任九门提督的江朝宗请李莲英吃饭,然后派人杀其于北京后海。支持该观点的人认为,江朝宗是袁世凯的亲信,小德张则是李莲英的后任。两个人出于不同的目的杀了李莲英。李莲英曾得罪袁世凯,这是事实,因此袁有可能授意亲信下手;而小德张则为了争夺其遗产之事,而萌生杀人动机。但立即有人反对此说。
有学者考据说,江朝宗宣统二年正在陕西汉中镇总兵任上,直到1912年才回北京担任北洋政府北京卫戍司令。江朝宗远在几千里之外,并不在所谓的“九门提督”任上,怎么可能请李莲英吃饭并设局杀之呢?同时,也有人认为,小德张同李莲英,并没有共过事,两人没有利害冲突,杀人动机不存在。