亚马逊河的源头是在安地斯山脉区中一个海拔5,597米的密斯米雪山的一条小溪,距离的的喀喀湖约160千米,距利马约700千米,密斯米雪山作为源头是在1971年第一次认定,后来更精确的源头位置又在1996年、2000年和2007年被多次重新确定。溪水先流入劳里喀恰湖,再进入阿普里马克河,阿普里马克河汇入乌卡亚利河,乌卡亚利河再与马拉尼翁河汇合成亚马逊河主干流。
从马拉尼翁河的支流瓦利亚加河以下,河流就从安第斯山区进入冲积平原,从这里到秘鲁和巴西交界的雅瓦里河,大约有2400千米的距离,河岸低矮,两岸森林经常被水淹没,只是偶尔有几个小山包,亚马逊河已经进入了亚马逊热带雨林中了。
由于亚马逊河的流量巨大,所以距河口150千米内的海水都不咸,海水含盐量相当低,主河道有1.5到12千米宽,从河口向内河有3,700千米的航道,海船可以直接到达秘鲁的伊基托斯,小一点的船可以继续航行780千米到达阿库阿尔角,再小的船还可以继续上行。
亚马逊河从北纬5度伸展到南纬20度,源头在安第斯山高原中,离太平洋只有很短的距离,经过秘鲁和巴西在赤道附近进入大西洋。
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